Új szervezetek kezdték meg működésüket 2007. január elsejétől a Magyar Honvédségben. Az átalakítás elsődleges célja egy erős, jól szervezett haderő megteremtése, amelynek legfőbb ismérve a stabilitás, a javuló munka- és szolgálati körülmények, a növekvő csapatlétszám, a csökkenő bürokrácia és a növekvő társadalmi elismertség. A döntés összhangban van a kisebb és olcsóbb állam megteremtésének céljával, az adófizetők pénzének hatékony és költségtakarékos felhasználásának felelősségével. Az egységes középszintű irányítás lehetővé teszi, hogy a szervezetek lényegesen kisebb létszámmal, hatékonyabban láthassák el feladataikat...
Ennek érdekében átalakult a Magyar Honvédség középszintü vezetése, melynek részeként 2007. január elejével megalakult az MH Összhaderőnemi Parancsnokság. Az 500 fős integrált parancsnokság felel az egységes kiképzés és gyakorlatok végrehajtásáért, illetve a békemüveletekben való egységes részvétel megvalósításáért. Ugyancsak átalakult a hadkiegészítés rendszere, melyet a jövőben két területi hadkiegészítési parancsnokság végez, Veszprémben és Szolnokon.Az új vezetési struktúra és szervezetek kialakításával a csapatoknál szolgálók létszámának növekedése mellett csökken a felső vezető szervek létszáma, egyszerüsödik a katonai vezetési rendszer.Ugyancsak 2007. január elsejétől változott a minisztérium háttérintézményeinek rendszere. Három új szervezet – a HM Közgazdasági és Pénzügyi Ügynökség, a HM Fejlesztési és Logisztikai Ügynökség, valamint a HM Infrastrukturális Ügynökség – alakult meg. A HM Közgazdasági és Pénzügyi Ügynökség négy korábbi pénzügyi szervezet bázisán jött létre. A HM Fejlesztési és Logisztikai Ügynökség hat szervezeti elem integrálásával a termelői logisztikai feladatokat végzi.2007. végére befejeződik a 2005-ben kezdődött átalakítási folyamat, megteremtődik a kor követelményeinek megfelelő, korszerü Magyar Honvédség.